广州海事法院内设立案庭、海事行政审判庭、海事审判庭、海商审判庭、审判监督庭、执行局、研究室、办公室、政治部、监察室、法警支队、综合保障中心。为方便当事人诉讼，还分别在辖区内的深圳、汕头、湛江和珠海四个港口城市设立了派出法庭；另外还设立了广州海事法院广东自由贸易区巡回法庭、东莞巡回法庭等巡回审判点。广州海事法院以建设“精法律、熟经贸、懂航运、会外语”的精英人才队伍为目标，逐步形成了“资深法官、青年法官、预备法官”人才梯队。1989年创办《海事审判》季刊，1999年改版为《中国海事审判》年刊，是全国唯一对海事审判理论与实务进行研究的连续公开出版刊物。